Según la Resolución Ministerial N° 215-2015-MINEDU, a partir del 2 de junio del 2015 se establece una nueva estructura orgánica:

Dirección (DIR)

Órganos de Apoyo:

• Área de Administración (ADM)
• Área de Recursos Humanos (ARH)

Órganos de Asesoramiento:

• Área de Asesoría Jurídica (AAJ)
• Área de Planificación y Presupuesto (APP)

Órganos de Línea:

• Área de Gestión de la Educación Básica Regular y Especial (AGEBRE)
• Área de Gestión de las Educación Básica Alternativa y Técnico Productiva (AGEBATP)
• Área de Supervisión y Gestión del Servicio Educativo (ASGESE)

Órgano de Control Institucional (OCI)